染色的原因主要有以下幾點：
裝飾和美化：染色即染上顏色，也稱上色，是指用化學的或其他的方法影響物質本身而使其著色。在技術允許的條件下，通過染色可以使物體呈現出人們所需要的各種顏色，用五顏六色來裝點生活。
便於觀察：在顯微鏡下觀察細胞結構、組成時，染色可以使細胞變得鮮明，便於分辨細胞結構。大多數染色劑都會殺死細胞，使得活細胞的細胞膜失去選擇透過性，從而使得染料進入細胞，使細胞被染上色。
區分不同成分：染色可以使標本內部的微生物種類、形態、組織結構、物質大分子的成分形成不同的顏色梯度，從而產生不同的視覺對比度，有利於在顯微鏡下區分它們的個體形態、著色差別、內含物、組織結構。
顯示組織細胞的各種成分：染色就是利用染料在組織切片上給與顏色，使其與組織或細胞內的某種成分發生作用，經過透明後通過光譜吸收和折射，使其各種微細結構能顯現不同顏色，這樣在顯微鏡下就可顯示出組織細胞的各種成分。