桶裝水的消毒方法主要包括以下幾種：
物理消毒。這是一種常用的消毒方法，包括加熱、過濾、紫外線和輻射消毒。例如，煮沸是一種簡便且效果可靠的消毒方法，適用於少量水的處理。過濾也是一種有效的消毒方式，但主要是除菌而非殺菌，常用的過濾材料包括砂濾、石棉濾板和纖維酯濾膜。紫外線消毒適用於中小量水處理，具有不添加任何化學物質、消毒效果好且不產生消毒副產物的優點。
化學消毒。使用含氯消毒劑是一種常見的化學消毒方法，包括漂白粉、次氯酸鈣、氯胺和二氯異氰尿酸鈉等。加氯量需要根據水源水質來確定，一般對於經過混凝、沉澱、過濾的水或清潔的地下水，加氯量爲0.5至1.5毫克/升；若水質較差，則加氯量可能需要增加。
二氧化氯消毒。二氧化氯被稱爲第四代消毒劑，是WHO推薦的處理飲用水最安全的化學藥劑。它在水處理、去味、除鐵等方面效果優於氯，且不產生三氯甲烷類致癌物質。二氧化氯消毒的效果受水溫影響較小，對於劣質水的殺菌效果比氯更好。
臭氧消毒。臭氧作爲一種強氧化劑，具有廣譜高效的殺菌作用。然而，需要注意的是，某些細菌可能對臭氧產生耐藥性，這可能影響臭氧消毒的有效性。
對於空桶的清洗消毒，除了上述方法外，還可以使用含有濃度爲CIO2的溶液進行浸泡或沖洗，以及採用含有鹼性助劑的強效氧動力外洗劑進行清洗。另外，空桶的回收、外壁清洗、內壁鹼洗和藥洗等步驟也是重要的消毒措施。