甲萘醌在植物中的作用主要包括：
促進生長與發育：甲萘醌通過結合植物細胞的生長素受體，調節植物的生長發育過程。
提高代謝活動：甲萘醌還能促進植物的代謝活動，從而提高生長速度和光合作用效率。
此外，甲萘醌在其他領域的套用包括：
作為營養強化劑：用於奶粉、餅乾等食品或寵物食品中。
醫藥原料：用於製作維生素K1片劑。
在醫學上，維生素K1（甲萘醌的一種形式）主要用於防治維生素K缺乏所致的出血，其作用包括：
作為輔助因子參與肝臟合成凝血因子，如凝血酶原等。
促進纖維蛋白原轉變為纖維蛋白，提高血漿纖維蛋白凝塊的彈性。
參與氧化過程，保證機體磷酸根轉移和高能磷酸化合物的正常代謝。
增加腸蠕動和分泌功能，增加膽總管括約肌的張力。
對某些類型的絞痛有明顯的鎮痛作用。
維生素K1注射液是2009版國家基本藥物目錄品種，主要用於治療各種維生素K缺乏引起的出血性疾病。