植物病毒的危害主要體現在以下幾個方面：
植物病毒能導致寄主植物發生各種異常症狀，如花葉、黃化、枯死、葉片變形等。這些症狀包括缺綠病、花葉病、局部病斑、斑駁病、環斑病、叢簇、條斑、莖稍壞死、葉脈帶化等。
植物病毒可以破壞葉綠體，妨礙葉綠素的合成，進而抑制植物的光合作用，導致植物生長受阻，甚至死亡。患者植物可能出現反常的內含體，如晶狀體和顆粒。
植物病毒還會引起植物矮化、叢生或畸形等形態變化。在農業生產中，植物病毒被稱為「頑疾」，一旦感染，將對作物造成嚴重影響。例如，受病毒影響的植物可能導致果實畸形、產量降低，甚至在某些情況下，病毒可以導致整個植物群體的毀滅。
此外，植物病毒通常具有高度的傳染性和變異性，可以通過昆蟲或其他媒介傳播，導致病害迅速蔓延。目前，還沒有有效的治癒方法，儘管有關於病毒抑製劑的研究，但已知的病毒抑製劑對植物都有一定的毒性，且不能完全治癒植物。