植物酵素的服用時間因目的和體質而異。一般而言，植物酵素可以在空腹時服用，以緩解疲勞、提高免疫力。對於亞健康人羣，建議早晚空腹服用，午休後可再增加一次。若用於改善特定疾病症狀，可在餐前30至60分鐘服用，每日1至2次。
減肥時，可在餐前1小時和臨睡前半小時空腹服用，每天1至2次。增肥時，則在餐後半小時服用，每日1至2次。此外，根據酵素的劑型不同，服用方法也有所區別。例如，錠劑和膠囊需配水服用，粉劑則先用冷開水調勻後服用，而液狀酵素可直接飲用或加少許冷水。
需要注意的是，有胃痛困擾的人不宜空腹服用酵素，可選擇在餐間服用。服用酵素時，還應避免其在不良環境下久置，如高溫或強光。對於老年人，選擇適度溫度的溫水服用酵素，避免睡前過多飲用，以免引起夜尿。