次氯酸的消毒原理主要依賴於其強烈的氧化性。
次氯酸（HClO）在消毒過程中，能夠迅速與細菌和病毒表面的蛋白質發生反應，導致微生物的蛋白質和核酸結構破壞，從而殺死或抑制這些微生物的生長。此外，次氯酸分子較小且不帶電荷，因此能夠滲透到細胞壁和病毒外殼內部，與微生物體內的酶和DNA等重要分子發生作用，進一步增強其殺菌效果。
值得注意的是，次氯酸在人體內也扮演著重要角色，通過中性粒細胞產生的髓過氧化物酶-H2O2-Cl-系統生成，對抵抗感染起到關鍵作用。然而，由於其強氧化性，次氯酸在使用時也需注意安全，避免對皮膚和黏膜造成刺激或損傷。