《死神VS火影》的操作方法根據玩家一和玩家二有所不同，具體如下：
玩家一。可以使用AD鍵或WASD鍵控制人物移動，S鍵或K鍵進行防禦，J鍵或U鍵執行攻擊，K鍵或L鍵用於跳躍，L鍵用於衝刺，I鍵用於執行必殺技，O鍵用於召喚援助角色。
玩家二。可以使用方向鍵控制移動，↓鍵進行防禦，1鍵進行攻擊，2鍵用於跳躍，3鍵用於衝刺，4鍵用於遠攻，5鍵用於必殺技，6鍵用於召喚援助角色。
遊戲中的特殊技能和組合技包括：
瞬移和擊飛技能。可以通過向前衝刺並擊飛（L鍵+K鍵或L鍵+U鍵）來攻擊對手。
卍解/始解。通過J鍵+K鍵可以發動卍解/始解技能，需要三格氣，適用於特定角色如一護、鳴人、佐助等。
特殊技巧。例如大蛇丸的三段擊飛技能（JJJ）+WU接上去+JJJ，我愛羅的疾走技能（SL）。
必殺技和超級必殺技。玩家可以通過組合按鍵來發動必殺技和超級必殺技，如W+J, S+J, W+U, S+U, W+I, S+I等。
遊戲模式包括NORMAL（普通單人模式）、VS COM（與電腦對戰模式）、VS HUMAN（雙人對戰模式）和Training（格鬥練習模式）。在遊戲中，玩家可以探索更多技能和組合技巧，以適應不同的戰鬥場景和對手。