水之神殿的解謎流程主要包括以下幾個步驟：
激活機關。首先，需要找到並開啓四個水口。在觸發機關後，會得到水之神殿四個水閘的位置分佈。
解鎖第一道機關。在島嶼中央的被火焰噴頭阻擋的房間內，使用希多的技能給自己套個水盾，穿過火焰噴射。然後，利用浮空石關閉火焰噴射，取得小球，並將其送回機關中，從而解鎖水閘。
解鎖第二道機關。在西側的空島上的水球發射臺，使用究極手把大球放進去，讓它登上對側的高臺。然後，利用浮空石拉閘，露出水下的大球機關，啓動大球開機關，從而解鎖水閘。
解鎖第三道機關。在東側的島嶼上的水球產生器，利用希多的能力或任意水源把淤泥清掉，產生水球。然後，把古代球通過水球運送上去，自己再飛上去，關閉火柱，並利用浮游石的效果讓小球和浮游石漂浮在半空中，固定在空中，使閘門能保持開啓並不斷的放水，水被放光後就能把大球放進坑洞裏並且解鎖門。
解鎖第四道機關。在傳送點出發看到右邊有一箇水泡產生器，清理乾淨後會產生瀑布，搭乘瀑布來到上層。然後，直走看到一箇從天而降的水泡，利用倒轉乾坤水泡再上去一層。上到最高層後來到右邊看到一箇大瀑布，把兩片石板黏合在齒輪上上下各一箇，並用究極手拉動一下使瀑布轉動齒輪跟着電線走，看到一處缺少導電物品的地方，抓取旁邊的水球放在兩條電纜中間來導電便能開啓閘門解開第四道鎖。
通過以上步驟，可以成功解開水之神殿的謎題。