水性木器漆的施工方法包括以下步驟：
基材處理。確保木質基材的含水率不超過12%，表面乾淨、平整，無油污、膠水等雜質。如有污漬，應及時清除。使用240號砂紙打磨基材，去除表面膠水、油污和毛刺，保證板面及接縫處平整、光滑。
封閉底漆。使用水性木器封閉透明底漆進行板材封閉，加5%的水稀釋，充分潤濕，不漏塗，以隔絕板材裡面的有害物質。塗刷兩至三遍，每遍乾燥後（具體視濕度及氣候狀況），用砂紙打磨。
刮膩子。批刮自調膩子兩遍，厚、稠，第二遍薄、稀，以找平為準。膩子乾透後，用砂紙打磨平整。
塗刷底漆和面漆。底漆在使用時需加入5%~10%的清水稀釋，並攪拌均勻。底漆塗刷三遍，每道工序之間間隔2~3小時。面漆在使用時同樣需加入5%~10%的清水稀釋，並攪拌均勻。面漆塗刷兩遍，每道工序間隔2~3小時。乾燥完畢後分別使用砂紙打磨。
噴塗方式。適合大面積施工或家具施工。噴槍的口徑建議在2.0mm以上，薄噴三遍即可。噴塗設備中與漆液接觸的部件須用不鏽鋼或聚四氟乙烯襯裡保護，以避免反應產生鏽蝕或漆液污染變色。
擦塗方式。使用不掉毛的棉布或抹布，浸濕後擰乾擦塗。但此方法後期在施工實際操作中顯示不宜用作水性漆的施工方法，因為容易引起塗不均，漆膜塗層不平整，顏色上色不勻稱。
施工環境方面，水性木器漆要求周邊溫度超過6攝氏度，室內外通風良好。夏季高溫環境下也可施工，但需加快施工速度。避免在低於6攝氏度的環境下施工，以免漆層不易乾燥。