只吃水煮蛋的蛋白而忽略蛋黃在某些方面可能會影響營養攝入。蛋黃中含有比蛋白更多的脂肪、熱量、維生素、礦物質和微量元素，如鐵、鈣、磷等，以及卵磷脂，這些營養成分對健康非常重要。儘管蛋白中也含有蛋白質和礦物質，但它們的營養密度不如蛋黃高。
對於健身或減肥的人來說，蛋黃中的脂肪含量可能會引起關注，但實際上，蛋黃中的脂肪酸大多對身體有益，不會導致發胖，反而有助於預防心血管疾病。此外，關於蛋黃中膽固醇的擔憂通常是不必要的，因為人體能夠代謝掉攝入的大部分膽固醇，而且攝入的膽固醇對血液中膽固醇水平的影響非常小。
總的來說，吃整個水煮蛋比只吃蛋白更能提供全面的營養，包括蛋白質和其他重要的營養成分。如果有特殊原因或偏好只吃蛋白，應確保通過其他食物補充缺失的營養。