根據提供的信息，水系御三家的排名如下：
甲賀忍蛙：
排名第一，因其高人氣和在動畫中的表現。
屬於水系和暗影系，擁有強大的戰鬥能力和獨特的特性。
巨沼怪：
排名第二，因其雙屬性（水系加地面系）的優勢，提供了良好的抗性和攻擊力。
在動畫中表現出色，尤其是在對抗電系對手時的優勢。
帝王拿波：
排名第三，屬性為水系加鋼系，提供了優秀的抗性，但在動畫中的表現一般。
水箭龜：
排名第四，以其高防禦和在動畫中的頻繁出場而知名。儘管沒有超級進化或超極巨化，但仍然是一個強大的對手。
大力鱷：
排名第五，作為第二代水系御三家的一員，擁有強大的物理攻擊能力和不錯的防禦。
大劍鬼：
排名第六，作為純水系寶可夢，其在動畫中的表現和戰鬥能力受到限制。
乾麵避役：
排名第七，作為第八代水系御三家的一員，其速度和特攻潛力高，但在實戰中的套用受到限制。
以上排名基於寶可夢的戰鬥能力、動畫表現、特性和屬性優勢等因素綜合考慮。