水蛭素的提取過程主要包括以下步驟：
準備水蛭。首先將水蛭洗淨去除泥土等雜質，然後整體搗碎成泥漿狀。
調整pH值和加溫。將水蛭漿加溫至60~80°C，維持2~3分鐘，然後加入冰醋酸或Na2CO3調整pH值至4.4~4.6。
離心和收集上清液。冷卻水蛭漿至25~30°C，再次調整pH值至6~7，接著進行離心處理，收集母液。
浸提和沉澱。殘渣用生理鹽水反覆洗滌，母液透析後用95%以上的乙醇進行分級沉澱。
乾燥和溶解。將沉澱進行真空乾燥得到粗製品，然後用適量的二次蒸餾水溶解，再次進行透析。
滅菌和冷凍乾燥。透析液經過抽濾滅菌，然後進行冷凍乾燥，得到精品。
此外，還有一種仿生誘導法，這種方法通過模擬自然條件誘導活體水蛭分泌唾液（含有天然水蛭素），避免了傳統方法對水蛭的直接使用，減少了對水蛭資源的消耗。