使用水袋的方法主要包括以下幾個步驟：
檢查和注水。首先檢查水袋是否有破損，並確保它在有效期內，然後移除封口，像打開信封那樣打開注水保護罩，開始注水，注意不要超過注水線，注水完成後，將保護罩和封口恢復原狀。
倒置檢查和空氣排出。將水袋倒置，檢查是否漏水，然後吸出多餘空氣，以防止水袋在背包中不必要的晃動。
放入背包。如果背包有掛鈎，可以直接將水袋掛在掛鈎上，如果沒有，則放入水袋倉或任意倉內。
保養。徹底清洗水袋，並晾乾以延長其使用壽命，準備半顆檸檬，將檸檬汁擠進水袋中，靜置五小時後倒掉水分並晾乾，或使用淡鹽水泡一個晚上，注意在每次使用後儘量清洗水袋，深度清洗可以使用水袋清潔泡騰片，再用水袋刷，用清水沖洗後倒掛晾乾。
此外，如果是電熱水袋，在充電時禁止使用，使用熱水袋時，注意調節適當的溫度（60°C～70°C），並採取適當的安全措施以防燙傷。