水解酸化池的原理主要涉及有機物的生物降解過程，在這一過程中，水解酸化池利用水解菌和酸化菌將污水中的不溶性有機物轉化為可溶解的有機物，同時將難以生物降解的大分子物質轉化為易於生物降解的小分子物質。
水解酸化池是一種生物反應器，其核心機制包括水解和酸化兩個生物化學反應過程。水解是指有機物在微生物細胞外進行的生物催化反應，而酸化則是一類典型的發酵過程。在水解酸化池中，微生物通過釋放胞外酶來催化這些反應。
此外，水解酸化池還在低氧或無氧條件下進行，這種環境有利於化能異養型微生物對有機化合物的氧化，這一過程通常不涉及電子傳遞鏈，而是通過底物水平磷酸化獲得代謝能。
水解酸化池通常由污泥床區和清水層區組成，污水從池底部進入，通過污泥床，其中的顆粒物質和膠體物質被截留和吸附在污泥表面，然後被厭氧菌分解代謝。在這一過程中，難降解的大分子有機物被轉化為易降解的小分子有機物。
總體來說，水解酸化池通過這些生物化學反應，提高了廢水的可生化性，為後續的生化處理提供了有利條件。