水的除菌方法主要包括物理方法和化學方法。以下是詳細介紹：
物理方法。包括加熱法、紫外線照射法、輻射法（如γ輻射）和膜過濾法。加熱法是通過將水煮沸至100°C並保持1~3分鐘來殺死細菌、病毒和寄生蟲；紫外線照射法利用紫外線燈或紫外線水處理器來殺死微生物，其中254nm的紫外線殺菌作用最強；膜過濾法通過微濾、超濾或反滲透等技術去除水中的懸浮物、細菌和病毒。
化學方法。主要包括氯化消毒、臭氧消毒、二氧化氯消毒和氯胺消毒。氯化消毒是使用氯氣或次氯酸鹽等含氯消毒劑來殺死水中的微生物；臭氧消毒是通過將臭氧氣體通入水中來殺死細菌、病毒和寄生蟲；二氧化氯消毒是一種更高效的氧化劑，能快速殺死微生物且產生較少的副產物；氯胺消毒則是氯和氨反應生成的產物，用於消毒和改善水的口感。
在選擇適合的除菌方法時，需要考慮水源的質量、處理成本、副產物生成潛力以及技術可行性。對於小型水處理系統或特殊套用（如游泳池水處理），紫外線消毒和加熱法較為常用。而對於大型水處理廠，氯化消毒和臭氧消毒是更常見的選擇。