沉井施工的方法主要包括以下幾個步驟：
靠箱體自重配合土方內部開挖下沉。這種方法安全快捷，可以節約成本並縮短工期。箱體通常分為幾節，如第一節高度為5米，其餘每節高度為4米。牆體厚度約為1.8米，底部設計有35度刃角，以助於開挖下沉和安全保障。
在沉井基礎底部做攪拌樁。使用攪拌樁鑽機在基礎底部製作直徑800毫米至1000毫米的攪拌樁，通過攪拌均勻至沉箱基礎底部的標高，以改善地質條件的不均勻性。
鋼筋綁紮和模板安裝。在達到一定強度後，拆卸模板並進行下一工序。在箱體周圍設定鋼筋混凝土圈樑，寬度為1米，高度為1.2米，起到開挖下沉時的導正和防斜作用。
開挖下沉。首先開挖槽深2米，鋪設墊層10厘米，然後放置墊木。使用長臂或伸縮臂挖掘機在兩側進行開挖，每次開挖深度約2米。在槽底四周預留5到6米寬，以保證小型挖掘機進行二次開挖下沉的安全。
監測和控制。在下沉過程中，在牆體四角處設定鉛垂儀，實時監測四面牆體的傾斜程度，以確保均勻下沉。
預壓調整。在開挖至設計底標高後，使用工字鋼鋪設在箱體頂部四角，並通過堆載方式預壓調整箱體高度差，以增加穩定性。
完成施工。根據圖紙設計要求完成倉內預埋件及構築物的施工。
此外，沉井施工還包括鋪墊、預製沉井、抽墊等步驟。