沉水性水生植物是一種大型水生植物，其特點是植物體全部位於水層下面，依賴固著生存。它們的根有時不發達或退化，植物體的各部分都可吸收水分和養料。沉水性水生植物的通氣組織特別發達，有利於在水中缺乏空氣的情況下進行氣體交換。這類植物的葉子大多為帶狀或絲狀，如苦草、金魚藻、湖為藻島等。沉水性水生植物對水質有一定的要求，因為水質渾濁會影響其光合作用。花小，花期短，以觀葉為主。沉水性水生植物在維持湖泊的清水穩態中具有重要作用，隨著沉水性水生植物的消失，湖泊可以從清水狀態轉化成濁水狀態。
據統計，我國分布的沉水性水生植物有100種左右，其中常見的有苦草、黑藻、菹草、金魚藻、穗狀狐尾藻、微齒眼子菜和竹葉眼子菜等10餘種。
沉水性水生植物在生長過程中會吸收水體中的營養物質，包括氮、磷等。針對富含營養化的湖泊、濕地，可採用每年有計劃收割沉水性水生植物的方式轉移水體中過量的營養物質，對緩解水體富營養化起到積極作用。