沉澱蛋白質的方法主要包括以下幾種：
鹽析法。在蛋白質溶液中加入大量的中性鹽，如硫酸銨、硫酸鈉或氯化鈉，破壞蛋白質的水化膜和中和電荷，使蛋白質顆粒相互聚集，發生沉澱。不同蛋白質所需的鹽濃度不同，因此可以通過調整鹽濃度來分離不同蛋白質。
有機溶劑沉澱法。使用可以與水相融的有機溶劑，如乙醇、甲醇或丙酮，破壞蛋白質表面的水化層，降低蛋白質的溶解度，從而使其沉澱。這種方法適用於在低溫下操作，以防止蛋白質變性。
重金屬鹽沉澱法。在蛋白質溶液中加入重金屬鹽，如硫酸銅、硫酸鉛或硝酸銀，調節溶液的pH值大於蛋白質的等電點，蛋白質帶負電，與重金屬離子結合形成不溶於水的蛋白鹽沉澱。
生物鹼試劑或酸沉澱法。使用生物鹼試劑或某些酸，如鎢酸、三氯醋酸，調節溶液的pH值小於蛋白質的等電點，蛋白質帶正電，與這些試劑或酸的酸根結合形成不溶性鹽沉澱。
加熱變性沉澱法。在等電點時加熱蛋白質，形成凝塊沉澱，得到的是變性蛋白質。
這些方法各有特點，適用於不同的實驗條件和需求。