沙漠湖泊的形成是一個複雜的過程，主要歸因於自然因素和人為因素的影響，以下是形成原因的詳細介紹：
自然因素。全球氣候變暖導致冰川消融速度加快，地下水位上升，蒸發量降低，使得沙漠內部的湖泊數量增多。高山上的冰雪在夏天融化，順著山坡流淌形成河流，河水流經沙漠，滲入沙子變成地下水，這地下水沿著不透水的岩層流至沙漠低窪地帶後湧出地面，形成湖泊。另外，由於地殼變動，不透水岩層斷裂，地下水沿著裂縫流至低窪的沙漠地帶衝出地面，也能形成湖泊。
人為因素。人類在沙漠周邊地區進行大規模開發和建設活動，導致沙漠內部的水資源減少，湖泊面積縮小。但一些水利工程如水庫、水渠的建設也為沙漠內部的湖泊增加提供了必要的水源保障，使得湖泊數量有所增加。
此外，臨時性儲水點如「水塘」或「積水庫」的形成與塔里木河水量增大有關，這些臨時性水面是河道溢出來的漫灘水形成的積水，過段時間會因為下滲和蒸發而消失。