洗鞋子後仍然有臭味的問題，主要是因為腳部出汗後，鞋內的濕度和酸鹼值給細菌提供了一個適宜的生長環境，加上皮膚壞死的角質層給細菌帶來的足夠的營養，使細菌能夠大量繁殖分解角質蛋白並混合汗液中的尿素、乳酸從而產生難聞的臭味。因此，除了清洗之外，殺菌也必不可少。以下是一些除臭方法：
酒精除臭法。用噴灑小工具或者舊牙刷蘸取酒精把鞋墊和鞋子內部進行噴刷，酒精有很好的殺菌消毒作用。
樟腦丸除臭法。將樟腦丸放進鞋子裡，能夠去除鞋子的臭味。
小蘇打除臭法。在鞋子裡面墊上紙巾，撒上蘇打粉並將其抹勻，就可以除臭。
醋精除臭法。在鞋子裡面墊上一張紙，倒上一些醋，可以除臭。
檸檬片除臭法。將檸檬片放在鞋子內，一般隔一個晚上之後，鞋臭基本上就能夠被去除，而且還會有一些清香。
茶葉除臭法。將平時泡過的茶葉用紗布包成一小團曬乾，直接塞進鞋子裡面，晾置一晚上，鞋子就基本沒有臭味了。
木炭除臭法。把木炭用紙巾包裹好後，放進鞋子裡。木炭的吸附性非常強，不僅能夠吸收鞋子內的水分，還能吸收鞋子內的氣味。
果皮除臭法。將桔子皮、柚子皮等放在鞋子內，一個晚上之後，鞋臭基本上就能夠被除去，鞋內還會留有一些清香。
硬幣除臭法。在鞋子內放入三五枚五角錢的硬幣，靜置一晚，鞋子就沒有臭味了。五角錢的硬幣是銅製品，銅離子可以有效減緩細菌滋生。
除此之外，還可以使用碘伏盆子法，接水並加入適量碘伏，有很好的殺菌效果。除了使用這些方法外，勤清洗、常殺菌、定期保養以及避免長時間穿著同一雙鞋也是預防鞋子發臭的重要措施。