洱海污染的原因主要包括以下幾個方面：
旅遊活動污染。隨著旅遊業的快速發展，遊客在洱海周邊產生的各類生活垃圾和生活廢水對洱海環境造成了直接影響。旅遊開發的無序增長、無照經營、排污管道設施不完善以及旅遊硬體設施覆蓋面較低，導致大量廢水和廢棄物流入洱海。
農業和養殖業污染。洱海周邊地區的農業活動，如種植業、畜牧業等，產生的農藥、化肥、畜禽糞便等污染物通過徑流等方式進入洱海水體，造成污染。
工業污染。周邊工業生產過程中排放的廢水、廢氣等含有害物質，直接或間接對洱海水質造成污染。
生活污染。包括在洱海周邊洗頭、洗車、洗衣服等日常活動產生的廢水，以及生活垃圾對洱海水質構成的威脅。
內源污染。海底淤泥的積累和成分複雜，與藍藻等水體污染指標有直接關係，加劇了內源污染。
此外，還包括水土流失、違規建築和餐飲客棧的無序發展等。以上這些因素共同導致了洱海水質的惡化和生態環境的破壞。