流行病學研究方法主要分為以下三大類：
觀察法。包括描述性研究和分析性研究。描述性研究主要是描述人群中疾病和健康狀態的分布，揭示流行或分布的現象，提供病因線索，提出病因假說，包括案例報告、現況調查、疾病監測、生態學研究等。分析性研究則是驗證病因假說，主要包括病例對照研究和佇列研究。
實驗法。主要用於評價疾病防治干預措施的效果，可確證病因假說，它可分為臨床試驗和現場試驗，包括個體試驗和群體試驗。
數理方法。主要通過建立數學模型預測疾病流行趨勢，描述疾病流行規律，評價疾病防治效果。
這些方法可以相互補充，為流行病學的深入研究提供全面的視角。