海水倒灌的成因主要取決於以下幾個因素：
地質結構和地形地勢。沿岸的岩石類型、岩層密度、裂隙大小以及海水和地下水的連通性都會影響海水倒灌的程度。例如，地質結構鬆散或地勢低平的地區更容易受到潮汐和巨浪的影響，從而引發海水倒灌。
地下水的過度開採。人類過度開採地下水會導致陸地水體水位下降，形成漏斗區，進而引發海水倒灌。
河流和海洋的水位差異。在季風氣候區，河流的入海口在夏季時河水與海水的水位可能相等，但到了冬季，河水水位下降，導致海水倒灌。
天文大潮和風暴潮。特定時間的天文大潮和風暴潮也會引發海水倒灌。
過度采沙和河床下降。過度采沙導致河床下降，進而引發海水倒灌。
全球變暖導致海平面上升。全球變暖導致海平面上升，使得海水水位高於陸地河流水位，直接發生倒流，導致陸地河水鹹化。