海洋微藻包括多種門類和屬，如藍藻門、硅藻門、甲藻門、綠藻門、金藻門、黃藻門等。常見的海洋微藻種類有螺旋藻、小球藻、雨生紅球藻、杜式鹽藻、顫藻屬、藍藻門中的螺旋藻屬等。這些微藻具有不同的形態特徵和生理功能，廣泛分佈於海洋中，包括潮灘、深海等環境。