清初四大疑案主要包括以下四個：
太後下嫁：這是指清朝孝莊文皇後博爾濟吉特氏下嫁攝政王多爾袞的事情。據歷史記載，孝莊文皇後並未下嫁多爾袞，因此並不存在這一疑案。然而，關於孝莊文皇後與多爾袞之間的關係，歷史上確實存在一些不同的說法和爭議。據一些史書記載，孝莊文皇後與多爾袞之間存在感情關係，甚至可能已經結婚。但也有一些史書認為，這種說法是出自小說家言，並非史實。在史書中，並沒有明確的證據表明孝莊文皇後下嫁多爾袞，因此這個問題至今仍是一個歷史謎團。
順治出家：關於順治皇帝是否出家的問題，歷史上有不同的說法。有一種說法認為，順治皇帝確實有意出家，並且曾剃度成為一名僧人。但也有另一種說法認為，順治皇帝並沒有出家，他只是因為病重而去世。據一些史書記載，順治皇帝在董鄂妃去世後，曾有剃度為僧的念頭。他曾經召集和尚為他剃度，但被孝莊太後阻止。孝莊太後派人請來了行森的師父玉林通琇禪師，勸說順治皇帝打消出家的念頭。儘管如此，順治皇帝並沒有改變他的信仰和理念，最終選擇出家未果。
雍正被刺：關於雍正皇帝的死因，歷史上存在不同的說法。有一種說法認為雍正皇帝是被刺殺的，但這種說法並沒有得到廣泛的認可。另一種說法是雍正皇帝是因病去世的。
偷龍換鳳：這個疑案的具體內容並沒有在歷史記載中找到明確的證據，可能是民間傳說或者文學創作的產物。
以上四個疑案都與清朝的皇帝或太後有關，引起了廣泛的歷史和文學猜測。