海草具有較強的固碳能力，它們通過光合作用固定二氧化碳，並且能夠通過減緩水流促進顆粒碳沉降。海草床作為地球上三大生產力最高的海洋生態系統之一，雖然只占據了全球海洋不到0.2%的面積，但其固碳量卻達到了森林的2倍以上，是全球重要的碳庫。海草床的有機碳儲量約占全球海洋每年總有機碳埋藏量的10%，每平方公里可容納多達83000噸的碳，是陸地森林的兩倍多。此外，海草床中生長的大型藻類也是生態系統中碳儲量的重要來源。海草植物、附著生物和大型藻類等通過光合作用固定的碳存儲在生物體內，成為海草床生態系統中碳庫的重要組成部分。海草床生態系統中的有機碳大部分存儲於沉積物中，其沉積物有機碳的儲存也是「藍碳」功能的重要體現。
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