海馬的顏色多樣，不同種類的海馬顏色有所不同，即使是同一種海馬，其顏色也可能因個體差異或環境而有所不同。常見的海馬顏色有灰色、棕色、黃色、白色、黑色、紅褐色等。例如，線紋海馬體側有一些不規則的白色線狀斑點；刺海馬是黃白色；大海馬和三斑海馬是黑褐色；小海馬通常是棕褐色，也有些顏色可以從綠色到接近黑色；歐洲海馬一般呈褐色、橘色、紫色或者黑色，有時有極小的白色斑點。此外，還有許多色彩鮮豔的海馬品種，如匙吻海馬和西澳海馬，它們通常具有非常明亮的顏色，包括橙色、黃色、紅色和粉色等，身體上的斑點和紋理也很豐富。
平時大家所見到的海馬大多都是已經曬乾的，顏色通常呈現出淡白黃色、黃褐色或黃色。而在海洋世界或者海底中，海馬的顏色會略微深一些，呈現出褐色等顏色，這有助於它們在海底中融入周圍環境。