消磁石的原理主要涉及去除金屬材料表面的磁性和電性能力，使其失去磁場。在特定套用中，如水晶消磁，其目的是減少或抵消水晶中存在的電磁能量，使其回歸自然狀態。這個過程可能包括消散電荷和改變分子排列等方式，使水晶中的電磁場逐漸消失，達到消磁的效果。
此外，消磁石也被用於平衡人體電磁場，通過增加負離子的數量或吸收電子能量來幫助平衡電子能量，緩解電子輻射的傷害。
需要注意的是，消磁石的作用並不局限於水晶，它也可以用於一般金屬材料的消磁，以及地質體中的消磁作用，即當地質體被外磁場磁化時，在其內部產生一個與外磁場方向相反的磁場，抵消一部分外磁場的現象。