《莊子》中的「混沌之死」故事寓意深刻，主要反映了莊子的哲學思想，包括以下幾個方面：
心靈與自我修養。故事中混沌因外界干預而死，象徵著人類心靈容易受到外界污染和傷害，同時也暗示了通過自我修養和努力可以保持心靈的純潔和健康。這一寓意提醒人們要保持心靈的純潔，不受外界污染，並不斷修養心靈，使其更加健康和純潔。
無為而治與社會批判。混沌之死象徵著莊子提倡的無為而治的政治主張，反映了莊子對當時社會現實的批判態度。通過這個故事，莊子傳達了對社會、人格和學術理想的追求與超越。
尊重自然與客觀規律。莊子通過這個故事表明了「清淨無為」「順物自然」的社會政治理想。它啟示人們在做任何事情時，都應根據實際情況，尊重客觀規律，而不是僅憑主觀想像和意願行事。強調了尊重自然和客觀規律的重要性。
社交關係中的啟示。故事還可以套用於社交關係中，警示人們不應盲目接受批評或建議，而應保持自我，避免形成依賴他人指導的心態。
綜上所述，「混沌之死」不僅是對個人修養的隱喻，也是對社會、政治和人際關係的重要反思。