清淤施工方法主要包括以下幾種：
乾式清淤。這種方法涉及將河道分段並修築圍堰，然後利用水泵將圍堰範圍內的河水排乾，之後進行清淤。這種方法可以徹底清除淤泥，易於控制清淤深度，但需要圍堰排水，可能對兩岸護坡和已建工程設施造成損壞，並可能對周邊環境造成二次污染。乾式清淤適合兩岸有空間且便於斷流施工的小型河道。
半乾式清淤。與乾式清淤類似，半乾式清淤不需要將河道積水完全排乾，只需排至足夠攪拌深度即可。施工時使用高壓水槍對河底淤泥進行沖刷破壞，然後通過泥漿泵將泥漿抽吸排至淤泥集中處理區。這種方法適用於河底無法沖刷破壞的渣土，但設備耗電量大，人工費用高。
濕式機械清淤。這種方法無需進行圍堰排水，在帶水環境下採用挖泥機械進行清淤施工。濕式機械清淤包括多種類型，如兩棲反鏟式清淤機，它具有陸用和水中挖掘雙重功能，適合清除硬質河底障礙物。
直吸式清淤。這是一種適合城鎮河道的機械清淤方法，主要利用伸到淤泥層內的吸頭產生負壓，從河底吸走淤泥。在吸頭前要加一個過濾柵，以收集淤泥層中的垃圾。直吸式清淤設備除了清除淤泥外，還能去除污染最嚴重的淤泥，並可配合使用泥降脫水的設備。
泥水分離。在運輸前增加淤泥泥漿的脫水、乾化工序，使含水率降低到20%左右，從而減少運輸量並減小對運輸線路環境的不利影響。
選擇合適的清淤方法取決於河道的具體情況，包括淤泥的性質、河道的寬度和深度、周圍環境以及施工條件等。