渦輪增壓發動機的缺點主要包括：
維護成本高。渦輪增壓發動機的結構比非渦輪增壓發動機更復雜，包括渦輪、增壓器、配氣機構、冷卻系統和排氣系統等，這些部件更容易出現故障，維護成本高，維護也更頻繁。
耐用性差。渦輪增壓器的增壓器是易損件，其設備壽命相對於非增壓器引擎要短，渦輪的高速旋轉使得故障易於發生，渦輪軸承經常需要更換。
可靠性問題。渦輪增壓系統增加了發動機出現故障的可能性，渦輪增壓器需要時間來啓動和工作，這可能導致性能不穩定。
動力響應滯後。由於渦輪的需要一定時間來增加或減少進氣的壓力，這導致動力輸出反應滯後，影響駕駛的即時性。
發動機負荷增加。渦輪增壓系統將空氣壓縮後送入發動機，雖然提高了燃料的燃燒效率和功率輸出，但也增加了引擎的負荷，可能縮短髮動機的壽命。
燃油消耗增加。渦輪增壓技術的使用會使發動機的燃油消耗增加，導致車輛行駛里程的縮短，也會對環境造成影響。
機油要求高。渦輪增壓器也是依靠機油潤滑和散熱的，這對機油提出了很高的要求，需要定期更換機油，並且在每次更換機油時都要將機油濾芯一起更換掉。
積碳問題。渦輪增壓發動機在工作時溫度和壓力都比較高，這雖然實現了更強動力的輸出，但也容易導致積碳的產生。