港航中心的主要職責包括：
貫徹執行國家、省、市關於海事、港口、航道、水路運輸的法律法規和規章制度，參與擬定並實施轄區內相關的發展規劃和計劃。
負責轄區內水上交通安全、港口航道、水路運輸的日常監管工作，包括通航秩序、船舶污染防治、事故調查處理等。
參與水路運輸市場和營運船舶的管理服務工作，負責漁業船舶法定檢驗的技術性輔助工作。
負責航道的養護和保護工作，包括航標設定、維護和航道測量等。
承擔水路交通運輸行業統計分析、信用管理、安全生產和應急管理等工作。
協助編制綜合交通運輸發展規劃以及港口、航道、水路運輸等專項規劃並組織實施。
承擔各類船舶、海上設施和船用產品的法定檢驗及其監督管理工作。
參與港航運輸、港口工程建設、地方航道工程建設信用體系的建設。
此外，港航中心還需完成主管部門交辦的其他任務。