湖泊乾涸的原因通常可以分為自然因素和人為因素兩大類。自然因素包括全球氣候變暖、區域乾暖化、氣溫升高導致蒸發量增加、降水量減少、水位降低、區域地質條件改變、地下水埋深降低、地下水和地表水的補給通道受影響、河流湖泊內生保障機制紊亂、區域大氣環流改變、接收暖濕氣流能力下降、降雨量逐漸遞減等。
人為因素則主要包括農業和工業的迅速發展、水資源利用率低、生產用水量增加、人口激增、生活用水量增加、工農業用水的不合理利用、全球變暖的影響、人類消耗水資源增多、污染物排放導致湖泊環境惡化、圍墾及圍堤養殖使湖泊面積銳減、調蓄功能降低、人類不合理利用水資源等。