溶菌酶是一類能夠水解細菌細胞壁上的多糖鏈的酶，廣泛存在於微生物及各種動植物組織及分泌液中。其結構特點主要包括：
胺基酸組成。溶菌酶主要由約129至130個胺基酸殘基組成，具體取決於類型。
二硫鍵。溶菌酶含有4對二硫鍵，這些鍵對於維持其空間結構的穩定性至關重要。
空間結構。
整體結構：溶菌酶分子通常呈橢圓形，包含α螺旋和伸展的β摺疊片。
活性中心：酶分子的內部有一個較深的裂縫，大小可容納六個單糖分子，活性中心的Glu35和Asp52殘基在酸鹼催化機制中發揮關鍵作用。
類型。根據胺基酸序列和生物化學性質，溶菌酶可分為C型（如雞或常規型）、G型（如鵝型）和I型（如無脊椎動物型）。人源溶菌酶屬於C型，其空間結構由3個α螺旋和3個β摺疊構成，具有特定構象的緊湊結構。
溶菌酶的作用機理涉及底物進入活性中心後，在酶活性中心空間效應和特定殘基的作用下，誘導底物變形並形成過渡態構象，進而進行酸催化，斷裂糖苷鍵，破壞細菌細胞壁。溶菌酶的廣泛存在於自然界中，其在抗菌、抗病毒以及抗炎等方面發揮著重要作用。