溶菌酶的配製方法相對簡單，通常可以直接用TE（Tris-EDTA）緩衝液溶解，儲存濃度為20mg/ml。使用時，終濃度調整為1-2mg/ml。具體步驟如下：
將溶菌酶粉末溶解於10mmol/L Tris-HCl（pH 7.5）和10mmol/L NaCl的溶液中，配成20mg/ml的濃度。
在37℃下溫育1小時。
分裝成小份，並保存在-20℃的密封試管中。
請注意，溶菌酶在較廣的pH範圍（4〜12.5）內及高溫（50〜70°C）均有活性，因此在實驗中可以根據需要調整其使用條件。此外，溶菌酶在等電點以下較廣泛的pH值範圍內，分子帶正電荷，可吸附於弱酸性陽離子交換樹脂上，通過洗脫後鹽析，可得溶菌酶沉澱，再進行精製可得成品。這種方法適用於大規模的工業生產或實驗室的精細純化過程。