《漆黑的魅影》三周目攻略主要包括以下內容：
回家後下樓，沒有特別的劇情，但需要準備面對新的挑戰。
前往橙華森林中部，探索新開放的入口，有機會捕捉Lv.30的雪拉比。
進入世界狹縫，通過夢之實驗室，最後一個門將面對Lv.100的小智挑戰，其隊伍包括天蠍王、赫拉克羅斯、蜥蜴王、噴火龍、皮卡丘和卡比獸。
再次與火箭隊交鋒，他們的隊伍由Lv.100的梅卡陽瑪、雙彈瓦斯、阿柏怪、大食花、果然翁和海月水母組成。
進入夢世界，前往夢源鎮最南部的房子休息。
前往紅蓮之窟並向上探索，直到發現新的洞口，有機會捕捉Lv.50的克雷賽利亞。
進入維庫提尼出現的洞口，有機會捕捉Lv.30的維庫提尼。
挑戰魅影摩天樓，包括關東地區、小剛、小霞、馬志士等館主和四天王，以及小茂等冠軍。
捕捉稀有妖怪和重要妖怪，如妙蛙種子、小火龍、傑尼龜等。
捕捉三神柱（冰神柱、岩神柱、鋼神柱）和神柱王。
捕捉代歐奇希斯和固拉多、蓋歐卡。
完成以上挑戰後，玩家將獲得豐富的經驗和珍貴的獎勵，為後續遊戲做好準備。