《漆黑的魅影3》三周目的攻略如下：
回家事件。進入三周目，玩家首先回到自己的家，下樓後沒有特別的劇情。
橙華森林探索。前往橙華森林中部，那裡有一個新的入口已經開放。有機會捕捉到Lv.30的雪拉比。
世界狹縫之旅。從夢之實驗室可以進入世界狹縫。在最後一個門將面對小智的挑戰，他的隊伍由Lv.100的天蠍王、赫拉克羅斯、蜥蜴王、噴火龍、皮卡丘和卡比獸組成。
火箭隊再遭遇。再次與火箭隊交鋒，他們的隊伍由Lv.100的梅卡陽瑪、雙彈瓦斯、阿柏怪、大食花、果然翁和海月水母組成。
夢世界之行。進入夢世界後，前往夢源鎮最南部的房子休息。
再次稀有妖怪捕捉。有機會捕捉Lv.50的克雷賽利亞。
紅蓮之窟探險。繼續前行進入紅蓮之窟，並向上探索，直到發現新的洞口。有機會捕捉Lv.30的維庫提尼。
此外，還有一系列其他任務和挑戰，如挑戰訓練師、迷宮探索、捕捉特定等級的口袋妖怪等。