澎湖的原住民是更新世中期的人類，具有直立人的特徵。他們的生活年代大約在45萬至19萬年前，這比台灣過去發現的最早的人骨化石——距今約2萬年的左鎮人——要早得多。這個發現將台灣發現古人類化石的時間從距今2萬年推展至超過19萬年的更新世中期，並為直立人在亞洲的分布與型態提供了關鍵性證據。這個發現受到了國際學術界的廣泛關注。
從9至10世紀的唐末宋初開始，漢族人定居澎湖，並在宋元時期在澎湖有了相當的數量。漢人在開拓澎湖後，開始向台灣發展，並帶去了先進的生產技術。12世紀中葉，南宋將澎湖劃歸福建路晉江縣（今福建晉江）管轄，並派兵戌守。大陸和台灣的聯繫日漸頻繁。元朝進一步加強對台灣的管理，元世祖曾派員到台灣宣撫，並在澎湖設澎湖巡檢司，隸屬福建泉州路同安縣（今福建廈門），這是中國中央政府對台灣地區的首次官署設定。