在《火影忍者》手遊中，不同的秘境有不同的攻略方法，具體如下：
霸體秘境。首先攻擊boss，然後擊敗兩個結界強忍來消除boss的霸體效果，如果戰力不足，需要反覆擊敗結界強忍；如果戰力足夠，可以直接攻擊boss。
毒風秘境。對於一般戰力玩家，建議使用遠程技能忍者，如須佐鼬等，先前進打開封印釋放boss，然後使用技能擊敗施術偶忍，最後集中攻擊boss；高戰力玩家可以選擇不破壞結界直接攻擊boss。
水牢秘境。首先攻擊boss，然後擊敗出現的小兵，注意避免boss移動到角落以節省時間；同時注意躲避泡泡，否則boss會回血。
烈炎秘境。首先攻擊boss，然後擊敗出現的小木偶，注意boss召喚的黑炎（黑霧），可以使用綠色秘卷（散）驅散；使用秘卷可以打斷boss的攻擊。
陰陽秘境。首先攻擊boss，然後擊敗白偶忍或黑偶忍，根據出現的顏色選擇相應的攻擊方式。
落岩秘境。首先攻擊中間的boss，然後在規定時間內打破石像以釋放boss，注意在規定時間內未打破石像會造成巨大傷害。
此外，還有大腿帶熟食翻倍玩法、保底藍色諾言玩法、逆境回遊玩法等秘境攻略，具體如下：
大腿帶熟食翻倍玩法。與高等級玩家組隊，提高打秘境的效率，有更高機率獲得高級封印飾品。
保底藍色諾言玩法。與特定等級的玩家組隊，保證獲得的飾品為藍色保底。
逆境回遊玩法。適用於長時間未登錄的玩家，在秘境挑戰中享受雙倍獎勵。
建議根據個人實力和戰略選擇合適的秘境和攻略方法。