灰蛋的製作方法有多種不同的配方和步驟，以下是一種常見的灰蛋製作方法：
準備配料。將水、純鹼、茶和食鹽放入鍋中煮開，然後倒入存有黃丹粉、植物灰和生石灰的罈子里，待生石灰分解後拌勻即成配料。配料冷至20℃左右時使用。
處理鮮蛋。將鮮蛋洗淨、晾乾，浸泡在配料中，裝至壇口時，用竹片加壓，防止蛋上浮，壇口用雙層塑膠布紮緊蓋嚴。
等待成熟。經過30至40天左右，灰蛋即已成熟，可放在手中顛動，感到有震動時即為成熟。
清洗和包裝。將灰蛋清洗、晾乾，再用浸泡灰蛋的殘料加入30至50%的深層粘泥土，經充分調勻後包灰蛋並滾上谷糠，裝缸或裝箱，貯放在陰凍乾燥處或者向外運銷。
這是一種比較傳統的製作方法，不同地區可能會有一些差異。