《拆彈專家2》的劇情如下：
香港某處發生爆炸案，前拆彈專家潘乘風（劉德華飾）因昏迷於現場，被警方懷疑牽涉其中。他因受到不公平對待而被迫走向極端，加入了恐怖組織復生會，並策劃了"復生日"行動。
潘乘風在一次任務中失去了一條腿，但他裝上假肢後積極復健，希望回到拆彈崗位。然而，警方拒絕了他的歸隊申請，將他調到文職工作。潘乘風因此感到被歧視和不滿，逐漸走上了爭奪權力的道路，與好友董卓文（劉青雲飾）產生矛盾，甚至與警方發生衝突。
在一次恐怖攻擊中，潘乘風受傷失憶。他的前女友，也是警隊的女警察（倪妮飾），提出一個計劃，通過給潘乘風的大腦植入記憶碎片，讓他誤以為自己是警方的臥底，從而探聽復生會的行動計劃。潘乘風從醫院逃出後，開始為警隊做雙面間諜，與復生會周旋。
最後，在"復生日"行動當天，潘乘風的記憶恢復，他向警方透露了整個行動計劃。復生會原計劃用小型核彈裝到捷運上衝擊香港機場，潘乘風提出炸毀青馬大橋，讓載有核彈的捷運在青馬大橋上落入海中。警方按照潘乘風的計劃行動，成功阻止了復生會的陰謀，但潘乘風在行動中犧牲，證明了自己的清白。