培養皿倒置的原因主要包括：
防止培養基的水分蒸發。特別是當培養基的量較少時，水分更容易蒸發，這會影響微生物的生長。
防止冷凝水滴落。倒置可以防止在皿蓋上冷凝的水珠滴落到培養基上，從而避免雜菌的引入和菌落的污染。
便於觀察和計數。倒置培養皿可以控制菌落的蔓延，有利於形成單個菌落，便於觀察和計數。
避免培養基龜裂。在強制通風培養箱中，倒置培養皿可以減少培養基表面的空氣流動，降低水分蒸發速度，防止培養基龜裂。
方便取用。由於培養皿的蓋子較大而底部較小，倒置可以防止在取用時只拿到蓋子，從而避免培養基暴露和污染。
便於收集代謝物。在某些實驗中，需要收集細菌的代謝物，倒置培養皿可以方便地收集這些代謝物。