木瓜牛奶會凝固的原因主要是由於木瓜中含有的木瓜酵素的作用。這種酵素能夠分解蛋白質，當它與牛奶中的蛋白質接觸時，會將蛋白質分解成更小的分子，這些分解後的蛋白質分子會形成塊狀物質，從而使得牛奶出現凝結現象。此外，不成熟的木瓜酸度較高，容易使牛奶中的酪蛋白遇酸凝固，產生奶瓣。
牛奶中的乳蛋白在多種條件下會發生膠凝作用，形成體積較大的軟膠狀物體，其中包括遇酸性物質的情況。木瓜中的檸檬酸與牛奶中的乳蛋白產生化學變化，導致蛋白質變性凝固。因此，木瓜牛奶混合後，由於木瓜酵素的作用和木瓜中的酸性物質，牛奶中的蛋白質會發生變性，最終導致凝固。