臭豆腐之所以散發着獨特的臭味，主要是在其發酵醃製和後發酵的過程中，豆腐中的蛋白質在蛋白酶的作用下分解，同時所含的硫氨基酸充分水解，產生了硫化氫（H2S）等化合物，這種化合物具有非常刺鼻的臭味。
此外，在發酵過程中還會產生氨、吲哚、苯酚、酯類等多種揮發性分子，這些成分共同構成了臭豆腐的特殊風味。儘管臭豆腐聞起來可能不太愉快，但其中含有的氨基酸賦予了其鮮美的滋味，因此喫起來會覺得香。同時，臭豆腐中富含植物性乳酸菌，對調節腸道和健胃有益，其還含有低飽和脂肪和膽固醇，以及大豆中的保健成分——大豆異黃酮，因此具有一定的營養價值。