燒水的主要目的是爲了殺滅水中的細菌、病毒和其他有害微生物。這些微生物可能存在於水源中，也可能在自來水管網中滋生。在適宜的溫度和溼度條件下，這些微生物會迅速繁殖，並可能對人體健康造成威脅。例如，大腸桿菌是一種常見的腸道致病菌，可通過水源或食物傳播。如果飲用的水中含有這種細菌，就有可能引發腹瀉、嘔吐等症狀，甚至導致更嚴重的疾病。因此，爲了確保飲水安全，最好將水燒開後再飲用。
此外，未經加熱的水可能比較冷，如果直接喝這種水，可能會對胃腸道產生刺激，容易引起腹痛、腹瀉等症狀。而水燒開後晾到合適的溫度，喝溫熱的水可以減少對胃腸道的刺激，避免出現上述情況。
在中國古代，雖然喝熱水還沒有科學的支撐，但是把水燒開喝確是有理論依據的，這個理論依據就是整個中醫體系。中醫中是崇尚熱飲、熱食的。在中醫構建的文化理念下，中國人對熱飲有一種根深蒂固的信仰，認爲這樣才符合健康的理念。