雞蛋會有雙蛋黃的形成原因主要是由於兩個卵細胞同時成熟並一起脫離濾泡被納入輸卵管，在輸卵管各部依次被包裹蛋白、殼膜和蛋殼等物，從而就成雙黃蛋。甚至有時還會有多箇卵細胞同時成熟並一起納入輸卵管，而成多黃蛋。
具體來說，母雞的生殖系統由卵巢和輸卵管組成，含有未發育的蛋黃，這些蛋黃被釋放到輸卵管中。通常在下一個卵產後約一箇小時發生，但有時在幾個小時內會釋放出兩個蛋黃，這些變成雙黃蛋。
此外，遺傳也是導致某些禽類雙蛋黃的因素，這種情況最常見於剛開始產蛋的小母雞。還有應激性雙黃蛋，母雞在生蛋過程中受到驚嚇或外界干擾，一次排出兩個或兩個以上的卵子，排卵後在輸卵管內相遇，被蛋白包在一起，成了雙黃蛋或三黃蛋。
需要注意的是，雙黃蛋只能用於食用，不能用做孵化。