烏龜腐甲的治療方法根據腐甲的嚴重程度有所不同：
輕度腐甲。可以使用牙籤輕輕去除鬆動或脫落的甲片，然後用雙氧水、5%的聚維酮碘溶液或稀釋過的高錳酸鉀進行清洗消毒。之後塗抹紅黴素或金黴素眼膏，並實施幹養兩週，每天泡水兩到三次，泡水後擦乾身體並重新塗抹藥膏。如果患處有出血，可以使用雲南白藥止血。
中度或重度腐甲。需要先清除腐爛的組織，可以使用消毒後的工具或刀片進行清理。清理後，用雙氧水、聚維酮碘溶液或高錳酸鉀進行沖洗消毒。對於嚴重情況，可能需要口服抗生素如頭孢羥氨苄或土黴素，治療週期爲7到14天。
治療期間，烏龜應該幹養，以避免傷口接觸水。如果環境溫度較低，可以通過加熱燈或其他方式保持溫度在25°C到30°C之間。每天定時泡水以補充水分和幫助排泄，泡水結束後徹底清洗並重新上藥。同時，調整飼養環境，保持水質清潔，並避免使用可能刺激烏龜皮膚的藥物或清潔劑。如果腐甲情況嚴重或持續惡化，建議及時諮詢獸醫進行專業治療。