菸草專賣許可證的註銷原因主要包括以下幾點：
菸草專賣許可證有效期限屆滿未延續：如果菸草證的有效期已經屆滿，但持證人沒有申請延續，那麼菸草證將會被註銷。
經營主體終止：如果菸草專賣許可證核定的經營主體為自然人，自然人死亡或者喪失民事行為能力；或者為法人或其他組織，依法終止，菸草證也會被註銷。
不可抗力：因不可抗力導致經營主體無法繼續從事菸草專賣品生產經營業務的，菸草證也會被註銷。
違規行為：如果持證人從外面拿煙竄貨，犯了一些菸草公司明令禁止不允許做的違規的事情，導致警告越來越多，最後認為這個證已經不需要再存在了，菸草證也會被註銷。
法律、法規規定的其他情形：根據法律、法規規定，存在其他應當註銷菸草專賣許可證的情形。
依法註銷的菸草專賣許可證，應當通過公告欄、菸草專賣許可證信息系統等方式向社會公告。