牙刷杯子底部的黑色污垢通常是由於細菌、黴菌、牙膏殘留、水質中的雜質等在杯子中沉積所致。要清除這些污垢，可以採取以下幾種方法：
白醋清洗法。用白醋或食醋浸泡牙刷杯，利用其酸性溶解污漬，然後用大米顆粒的物理摩擦作用幫助清除污漬，再用清水沖洗乾淨。
小蘇打和牙膏清潔法。將少量小蘇打、白醋和牙膏混合，加入熱水後將牙刷杯浸泡其中，利用其清潔和殺菌作用去除污漬。
鹽水清潔法。用鹽水浸泡牙刷杯，然後用鹽乾擦或用刷子清潔杯壁，可以有效去除污漬和細菌。
熱水和牙膏清潔法。使用熱水和牙膏直接刷洗牙刷杯，去除水垢和牙膏殘留。
此外，定期用刷毛刷子清潔牙刷杯，保持杯子乾燥，避免積水也是預防黑色污垢形成的關鍵。