玉米穗腐病的防治方法主要包括：
種植抗病品種。選擇經過審定且具有抗病性的玉米品種，如創玉107、安玉308、中科玉505等。
農業防治措施。適時播種，合理密植，保證良好通風條件；及時追肥，提高植株抗病能力；收穫後及時晾曬，降低籽粒含水量；深耕土地，清除雜草和病株殘體，破壞病原菌生存環境。
藥劑防治。播種前，用特定藥劑處理種子，如75%百菌清可濕性粉劑、50%多菌靈可濕性粉劑等，以減少病原菌初浸染；生長期間，注意防治玉米螟、棉鈴蟲等蟲害，減少傷口浸染機會；在玉米吐絲期和抽穗期，噴施相關殺菌劑，如35%吡唑醚菌酯·氟環唑懸浮劑、18.7%丙環唑·嘧菌酯或240克/升噻呋醯胺等。
及時收穫。當玉米苞葉完全乾枯，子粒黑色層出現後及時收穫，以降低碎腐病的發生和蔓延。
綜合運用以上措施可以有效防治玉米穗腐病。